Daarnaast moest het fort voorkomen dat het Pannerdens Kanaal zou worden afgedamd, waardoor de Nieuwe Hollandse Waterlinie mogelijk zonder water zou komen te zitten. In het kader van voortschrijdende wapentechniek werden op het fort tussen 1885 en 1890 twee stalen pantserbatterijen gebouwd en schietgaten voor mortieren aangebracht en werd het aangeduid als een pantserfort.  

Hoewel de naam Fort Pannerden doet vermoeden dat het fort in Pannerden ligt, is niets minder waar. Het ligt in Doornenburg. Tot de aanleg van het Pannerdense Kanaal behoorde het gebied waarin fort Pannerden ligt wèl bij Pannerden. Na de aanleg van het kanaal werd dat specifieke gebied wel ‘West-Pannerden’ genoemd.
Fort Pannerden nu biedt voor elk wat wils. Van spannende verhalen en belevingen tot een spectaculair uitzicht over de Waal, Rijn het Pannerdensch Kanaal.