Hoewel een deel van Oud-Zevenaar bij een overstroming door de Rijn verzwolgen moet zijn, werd de kerk behouden. Bij deze ramp bleef het niet. Tijdens de tachtigjarige oorlog had de kerk het zwaar te verduren, de torenspits werd in brand gestoken en verwoestte bij haar val het kerkgebouw. Na 1583 werd gestart met de herbouw van de kerk, maar het zou tot 1866 duren voor de kerk haar oorspronkelijke vorm van 1350 weer had verkregen. De kerk heeft eeuwenlang een belangrijke rol gespeel bij de Mariaverering als bedevaartsoord voor pelgrims. De grote trekpleister was Madonna met kind.